Dalam rangka mewujudkan masyarakat yang bermutu mandiri dan islami Direktorat Jenderal Pendidikan Islam memiliki Visi :
Membentuk Peserta Didik Yang cerdas, Rukun Dan Faham Agama
Sedangkan Misi yang yang diemban Direktorat Jenderal Pendidikan Islam adalah :
- Mengembangkan Pendidikan Keagamaan Islam Berbasis Tafaqquh Fiddin, Bertradisikan Pengajian dan Kajian Kearifan lokal, Berwatak Kewirausahaan, Serta Berwawasan Kebangsaan dan Lingkungan.
- Mengembangkan Madrasah Yang Mampu Menghasilkan Lulusan Yang Islami, Unggul Dalam Ilmu Pengetahuan, Bersikap Mandiri dan Berwawasan Kebangsaan.
- Mengembangkan Pendidikan Tinggi Islam Yang Memiliki Basis Budaya Riset.
- Menyelenggarakan Pendidikan Agama Islam Pada Satuan Pendidikan terhadap seluruh peserta didik beragama Islam dengan mengedepankan Nilai Keislaman, Penanaman Keimanan dan Ketaqwaan, Pembentukan Akhlaq Mulia dan Sikap Toleran.
- Meningkatkan Kwalitas Menejerial dan Tata Kelola Pendidikan Islam Yang Islami Berdasarkan Prinsip Akuntabilitas, Transparansi dan Efisiensi.